노무현은 2006년 8월부터 청와대에 설치한 이지원 시스템을 봉하로 가져가겠다며 떼를 썼다. 행자부는 2007년 11월 "대통령기록물을 유출하는 것은 전직 대통령의 열람권을 벗어난 것" 이라며 극구 반대 했다. 노무현은 어느 재력가의 도움으로 사비를 들여 이지원을 복제해 임기 종료를 엿새 앞둔 2008년 2월 18일 봉하마을로 가져 갔다. 대통령기록물을 무단 복제하여 훔쳐간 것이다. 그런데 한동안 국민은 복제한 사실과 도둑질해 간 사실을 전혀 모르고 있었다.

이런 사실은 2008년 4월 이명박 정부가 노무현 측에 이지원 반환을 요구하면서 알려지게 됐다. 노무현은 반환 요구를 거부했다. "회고록을 쓰면서 집에서 대통령기록물 등을 열람할 수 있어야 한다"는 것이 이유 였다. 거듭된 반환 요청에도 응하지 않자 국가기록원이 검찰 고발 방침을 밝히고 나섰다.

이렇게 몰리자 노무현 측은 2008년 7월 19일 하드디스크와 백업 하드디스크 각 14개를 이지원 시스템에서 분리해내 대통령기록관에 돌려줬다. 이것이 국가기록관에 보관된 장물이며, 바로 여기에서 대화록 초본과 수정본이 동시에 들어 있었다. 초본은 삭제됐고, 그 삭제된 초본이 복원 기술에 의해 제 모습을 드러내게 됐고, 수정본은 미처 삭제할 시간을 갖지 못했는지 그대로 보존돼 있었다.

이명박 정부는 국가기록원을 통해 노무현을 포함한 10명을 대통령기록물관리법 위반 혐의 등으로 검찰에 고발했지만 2009년 5월 노무현이 바위에서 사망함으로써 수사가 유야무야됐다.

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