의사협회는 국방부가 주장하고 있는 두가지 방안 모두가 필연적으로 정원을 늘려야 한다는 점에서 정원축소를 일관되게 주장하고 있는 의료계의 흐름과는 상반된다며 반대 입장을 보였다.

한국의과대학장협의회장(학장협) 왕규창 회장도 공식 반대입장을 표시하고 국방부가 이의 계획을 철회 할 것을 공식 건의했다.

학장협은 국방부의 의대 설립 계획과 관련 "이는 의대 정원축소라는 거시적인 국가 의료정책에 위배된다"는 반대의견을 국방부에 전달했다고 밝혔다.

한편 국방부는 최근 군의무발전추진위원회와 테스크포스팀을 결성, 낙후된 군의료 발전계획을 수립하는 과정에서 국방부 산하에 의학전문대학원을 설립하는 안을 검토하고 있는 것으로 알려졌다.

교육인적자원부와 의대설립에 대한 의견을 이미 교환한 상태여서 예산 문제만 해결되면 국방부 산하의 의대 설립이 현실화될 가능성도 높다.

논의중인 안은 의대와 의학전문대학원에 군의료 인력을 위탁교육시키는 안과, 부천시에 건립예정인 의대 부속병원급 군병원을 아예 의학교육 기관으로 직접 설립하는 두가지 안이다.