품질검사 항목으로는 농산물의 경우 소비자가 가장 불안해하는 농약의 안전성관리를 위해 엔도설판 등 135종의 잔류농약검사를 실시하며, 가공식품에 대해서는 해당품목의 규격기준 검사를 하여 품질관리에 만전을 기하고 있다

그리고 유통과정의 특성에 따라 신선도가 중요한 농산물은 3일 이내에 신속하게 검사하고 가공식품은 14일 이내 검사하여 道관련부서와 해당 시·군에 통보함으로써 불량제품 유통차단 및 우수한 품질이 유지되도록 하고 있다.

이렇게 철저한 품질검사와 신속한 결과 통보로 생산자에게 우수한 품질을 유지토록 하여 2004년 300건 계획에 7월 현재 농산물 45건, 가공식품 120건 등 총 165건을 검사한 결과 부적제품이 한건도 발생하지 않았다.

또한 도지사 품질추천 농·특산물 지정 신청자가 급증하여 2004년 7월에 새롭게 26개 품목이 추가되어 74개품목에서 100개 품목(농산물 51, 가공식품 47, 수산물 2)으로 증가되었다.

불량식품 유통이 사회적 문제가 되고 있는 요즈음 충남보건환경연구원은 도지사 품질인증 농특산물에 대하여 도 및 시군 행정기관과 긴밀한 협조체계를 구축하고 정기적인 품질검사를 실시함으로써 소비자의 신뢰도를 높이고, 생산자와는 기술지도 등을 통하여 품질향상과 기술개발을 촉진시켜 제품의 안전성을 확보함으로써 "으뜸Q" 농특산물에 대한 품질차별화로 상품이미지 제고에 노력하고 있다고 밝혔다.