건교부의 혁신도시 입지선정은 당초 9월 말까지 완료할 계획이었으나, 시.도와 이전기관 간 기본협약 체결, 각계 전문가로 망라된 입지선정위원회 구성, 후보지 선정을 위한 용역 시행 등으로 다소 지연됐다.

현재 후보지 선정 용역 추진중인 지역은 광주.전남, 충북, 전북, 울산 등이다.

공동혁신도시를 건설하기로 합의한 광주.전남은 8.24 입지선정위원회를 구성하였고, 10월초 후보지 선정을 위한 용역결과가 제출되면 평가를 실시하여 10월 중순까지 최종 입지를 선정한다는 방침이다.

충북도의 경우에는 입지 선정 후 시.군간 갈등을 예방하기 위하여 입지선정 결과를 이의 없이 수용하기로 도와 시.군간 협약을 체결하였으며, 10월 중순부터 평가를 실시하여 10월말까지 최종 입지를 선정할 예정이다.

전북도의 경우에는 10월초 후보지 선정을 위한 용역결과가 제출되면 10월 중순까지 최종 입지를 선정하여할 예정으로 있다.

제주도의 경우 4개 시.군이 모두 유치신청서를 접수함에 따라 시.군간 예상쟁점 및 갈등소지가 가장 적은 지역이며, 10월초부터 입지선정위원회의 심의를 거쳐 10월 중순까지 최종 입지를 선정한다는 방침이다.

정부는 현재 시.도별로 추진하고 있는 혁신도시 입지선정을 10월까지 완료하고, ‘05년 말까지 혁신도시 건설 기본계획 수립에 착수한 후 지구지정 및 개발․실시계획 수립 절차를 거쳐 ’07년도 말에 착공, 2012년까지 이전을 완료할 계획이다.

한편, 공공기관 지방이전 및 혁신도시 건설과 관련하여 혁신도시 후보지로 거론됨에 따라 지가상승 및 투기적 거래가 우려되는 지역에 대하여는 토지거래 허가구역으로 지정하는 등 단계별 부동산 투기방지대책을 마련 시행중에 있다.