특히 법무부는 "(지난해 10월) 신행정수도 헌법소원 당시 헌재가 '정책적 고려에 의한 정부조직의 분산배치는 가능하다'고 판시한 바와 같이 정부부처의 일부를 연기·공주지역으로 이전하는 것은 정부조직의 기능적·정책적 분산배치로서 허용된다"며 "행정중심복합도시가 새로이 수도가 되는 것도 아니어서 '서울이 수도'라는 관습헌법에도 반하지 않는다"고 의견을 제시했다.

이어 법무부는 이번 헌법소원 사건에 대해 "기본권침해 구제를 요청하는 통상의 헌법소원과는 달리 정책반대 목적에서 제기된 것으로 헌법소원 제도 본질과는 거리가 있다"며 "관습헌법론 및 국민투표권 침해를 근거로 제기되는 헌법소원은 민중소송화, 입법권의 무력화 등 법치주의를 훼손할 위험이 있다"고 지적했다.

이에 법무부는 헌재에 이번 헌법소원 사건의 '적법요건 및 기본권 침해여부'에 대한 엄격한 사법적 심사가 필요하다는 의견을 전달했다.

또 법무부는 "특별법에는 국가기관에 대해 일정한 행위의무를 부과하고 있을 뿐 국민의 자유와 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 내용이 없고 행정중심복합도시의 건설은 수도분할에 해당하지 않다"며 "더구나 청구인들이 받게 된다는 불이익은 법적 이익이 아니라 사실적·간접적·반사적·경제적 이익에 불과해 자기관련성, 직접성 등 적법요건을 갖추지 못하는 등 적법요건이 결여돼 '각하'돼야 한다"고 주장했다.

이외에도 특별법은 ▲국무총리 및 행정의 중추기관이 대통령과 같은 지역에 소재해야 한다는 관습헌법도 근거가 없으므로 '헌법개정에 관한 국민투표권'을 침해하지 않으며, ▲행정중심도시 건설은 국민투표 대상에 해당하지 않고 ▲국민투표 부의여부는 대통령의 재량이므로 국민투표권을 침해하였다고 볼 수 없다는 것.

아울러 ▲입법과정에서 65회에 걸친 공청회 또는 토론회 등 충분한 청문절차를 거쳤기에 청문권 침해는 인정되지 않고, ▲예정지를 연기·공주 지역으로 특정한 것은 국가균형발전을 위한 최적의 입지라는 판단에 따른 것으로 합리성이 인정돼 평등권을 침해하지도 않고 ▲납세자의 권리 및 재산권, 공무담임권, 직업수행 및 거주이전의 자유, 행복추구권 등을 침해한다고도 볼 수 없는 등 기본권 침해를 인정할 수 없어 '기각'돼야 한다고 법무부는 판단했다.

한편 수도이전반대국민연합 대표 최상철 서울대 교수 등 222명은 지난달 15일 "행정도시특별법은 위헌으로 결정된 신행정수도 건설특별법과 대부분 조문에 차이가 없는 대체입법에 불과해 위헌성을 그대로 계승했다"면서 헌법재판소에 헌법소원을 제기했다. 현재 헌재는 전원재판부에 회부에 심리를 진행중이다.