그동안 수도권정비계획법은 과밀억제·성장관리·자연보전 등 권역을 달리하는 대학과 통폐합하거나, 지방에 소재한 대학과의 통폐합을 통해 수도권 내 전문대학이 4년제 대학으로 전환되는 것을 엄격히 금지하여 왔다.

이번 개정은 교육부장관이 마련한 「대학구조개혁방안」에 따라 추진되는 통폐합의 경우에는 수도권정비위원회 심의를 거쳐 2009년 말까지 한시적으로 허용함으로써 대학구조개혁을 촉진하기 위한 것이다.

다만, 수도권내 대학의 구조개혁은 통폐합 후 정원이 현재보다 감소하는 것을 의무화 하는 등 균형발전과 부합하는 범위 내에서만 허용된다.

또한 과밀의 정도가 상대적으로 심한 서울시내 소재 전문대학은 허용대상에서 제외하고, 사전에 해당 대학·전문대학 소재 지방자치단체장의 의견을 듣도록 하는 등 이번 조치가 수도권 과밀을 유발하지 않도록 안전장치를 마련하였다.

건설교통부는 수도권정비계획법 시행령 개정안 입법예고 기간(8.16～9.5)동안 제시되는 다양한 의견을 수렴하여 이를 반영한 후, 법제처 심사 등의 절차를 거쳐 ’06.10월말까지 정부안을 확정할 계획이라고 밝혔다.