이제도에 참여하고자 하는 생산자, 중간유통자, 최종판매자는 농관원 김천출장소에 등록을 해야 하며, 등록한 생산자는 자기가 취급한 이력추적 농산물의 생산과 출하의 기록관리, 다른 농산물과 구분관리 등 이력추적관리기준을 준수해야 하며, 중간유통자 및 최종판매자도 이력추적관리대상 농산물의 입․출고관리, 다른 농산물과 구분관리 등 이력추적관리기준을 준수하여야 한다.

이렇게 관리된 농산물은 포장지에 이력추적관리번호가 부여된 라벨을 인쇄 또는 부착하여 소비자에게 전달된다. 유통과정이나 구매과정 등에서 안전성 등에 위해가 되는 농산물이 발견돼 국립농산물품질관리원에 의뢰하면 이력추적, 안전성분석 등을 통해 리콜, 용도전환, 폐기 등 적적한 조치를 하는 제도이다.

기존의 생산이력제도는 생산과정만 중요시 했으나, 이 제도는 과정은 물론 책임소재를 분명히 해서 문제가 발생할 경우 역추적해 농산물의 위해 원인제공자를 밝히고 책임을 물을 수 있도록 하는 것이고, 이제도가 정착되면 생산, 유통자의 책임의식과 위해요소의 신속한 제거로 보다 안전하고 산지가 확실한 농산물이 소비자에게 공급될 것이다.

국제적으로 인정하는 이력추적관리제도에 우수농산물관리제도(GAP)를 덧붙이면 안전성을 확실히 담보할 수 있는 것이 될 수 있으며,이에 따라 금년부터 시행되는 우수농산물관리제도(GAP)에서 인증을 받고자 하는 반드시 이력추적등록을 하도록 하고 있다.