충무공학교는 무료로 운영하고 있으며, 초등학생 4~6학년 50명을 전화로 선착순 신청받아 매주 토요일 오전 10시부터 낮 12시까지 2시간 진행한다.

충무공학교는 이순신 장군의 정신과 현충사의 역사적 의미를 되새기고, 주5일제 수업시행에 따라 알찬 토요일을 보내고자하는 학생과 학부모의 기대를 충족시키기 위해 운영하고 있다.

추진 목적은 초등학생 어린이를 대상으로 단순한 참배나 관람형태를 벗어나 충무공과 현충사에 대한 참여형 교육프로그램을 운영해 어린이들에게 올바른 역사관을 정립시키는데 있다.

충무공학교는 현충사 및 전시유물 설명을 듣고 학생들이 현충사와 충무공이순신기념관의 주요 유적과 유물을 직접 다니며 찾아보고 활동지에 답을 적는 방식으로 학생들이 호기심과 흥미를 느낄 수 있도록 구성됐다.

한편 충무공학교 과정을 수료한 학생들에게는 이순신 장군이 받았던 무과급제교지와 같은 양식의 수료증을 수여하고, 십경도가 인쇄 된 자를 기념품으로 증정한다.