건설교통부에서는 경상북도 등 지방자치단체의 건의를 받아들여 농촌지역에 건축하는 축사, 버섯재배사등 농업생산시설에 대하여 기반시설부담금을 부과대상에서 제외토록 하는「기반시설부담금에 관한 법률 시행령 개정안」을 2006년 11월 30일 입법예고 하였다.

개정안의 주요 내용은 농촌의 어려운 여건을 고려하고 농업인의 경제적 부담을 경감하기 위하여 농촌지역에 설치하는 축사, 버섯재배사, 종묘배양시설등 동물 및 식물관련시설, 축산폐수처리시설, 친환경농산물의 생산․유통시설, 양곡도정업을 신고한 건축물, 농산물가공품 생산 공장, 농수산물산지 유통센터 등에 대해서는 기반시설부과금 면제 대상에 포함시켰다.

지금까지 이들 시설을 지을때 평당 3~5만원 가량의 부담금으로 WTO/FTA협상등 농산물 시장개방으로 어려움에 처해있는 농업인들에게 큰 부담으로 작용하고 있었는데, 개정안이 통과되면 농업인의 농업생산시설 확충이 한결 쉬워질 전망이다.

기반시설부담금은 개발행위로 인하여 유발되는 기반시설의 설치비용을 당해 개발행위자가 부담하도록 함으로써 기반시설 비용부담의 형평성을 제고하여 수익자 부담 및 원인자 부담의 원칙을 실현하고, 기반시설 설치 재원을 확보하여 도시 및 주거환경의 수준을 향상시키기 위한 것으로 도로, 공원, 녹지, 수도, 하수도, 학교등 기반시설 설치에 활용된다.