노무현 대통령은 25일 수석·보좌관 회의를 주재하면서 "정부가 중요하게 생각해야 할 것은 국가기관의 불법행위로, 국가기관이 불법으로 도청을 자행한 것은 비록 과거의 일이지만 부끄럽고 개탄스러운 일"이라며 '안기부 불법도청사건'과 관련해 "정부는 국가기관의 불법행위를 사실대로 철저히 밝혀야 한다"고 밝혔다.

이날 노 대통령은 "유사한 일이 다시 발생하지 않도록 아직도 해야 할 조치가 남아 있다면, 즉시 단호하게 조치해야 한다 우선은 국정원의 신속하고 철저한 자체조사가 이루어져야 한다"고 강조하면서도, 검찰조사의 필요성 여부에 대해서는 수사요건에 해당되는지 "검찰과 법무부에서 판단할 일"이라고 밝혀 청와대와의 연계성을 차단하려는 모습을 보였다.

또한 온갖 추측이 난무하거나 정보가 일부에 의해 악용되지 않도록 국가기관에서 책임 있게 처리해야 한다는 점을 분명히 한 것.

노 대통령은 도청내용에 대한 합법적·합리적 처리방침을 밝히면서, 도청의 추가 결과물이 있는지 확인하고, 있다면 어떻게 처리할 것인지, 파기됐다면 파기과정은 합법적이었는지 등을 파악해서 처리해야 한다는 뜻을 언급하면서 철저한 진상파악을 지시했다.