비정상회담은 지난 27일 기미가요를 배경음악으로 사용한 장면이 방영되며 큰 논란이 일었다. 이후 1회와 17회 총 2번에 걸쳐 기미가요를 배경음악으로 사용한 것이 알려지자 더욱 큰 논란으로 불거져 폐지 서명 운동까지 벌어지는 등 수많은 누리꾼들의 질타를 받았다.

이에 JTBC 측은 지난 31일 "국민 정서에 반하는 크나큰 잘못이 발생한 것에 대해 다시 한번 사과드린다"며 기미가요를 사용한 음악감독의 업무계약을 파기하고 책임 프로듀서를 보직해임 및 경질했다.

비정상회담 측은 논란 후 첫 방송인 3일 방영분에서 "마음 깊이 반성하며 머리 숙여 사과드린다. 최종 작업에서 기미가요를 세심하게 걸러내지 못한 제작진의 잘못이다. 시청자 여러분의 질책과 애정으로 여기까지 올 수 있었다. 다시는 이런 일이 발생하지 않도록 노력하겠다."는 시청자에 사과의 뜻을 전하는 사과문을 공개했다.

많은 누리꾼들은 이번 사과문에 "어떻게 한국인으로 태어나서 기미가요를 사용할 수 있느냐" "국제 망신이다" "그냥 넘어갈 수 없는 일이다" 등 많은 의견을 보였다.