남해해경청이 현재 설치 검토 중인 특별수사본부는 김충규 남해해경청장을 본부장으로 하여 수사반을 포함해 4개반 50여명으로 구성할 계획이며, 사건의 중대성과 여론동향 및 해적집단에 대한 일벌백계의 필요성을 감안해 경험 많은 수사관들로 포진될 예정이다.

남해해경청은 수사본부장을 맞게 될 김충규 청장이 부산경찰청 형사과장 및 수사과장 등을 지낸 수사통으로 지난 1999년 탈옥수 신창원 검거사건과 2000년 연쇄살인범 정두영 검거사건 당시 주무 계장으로 수사를 지휘한 경험이 있고, 수사를 담당하게 될 팀장들도 1996년 한국인선원 등 11명이 희생된 ‘페스카마호 선상살인사건’과 1999년 ‘텐유호 실종사건’ 등을 다룬 경험이 있어 금번 해적수사에는 큰 어려움이 없다는 입장이다.

남해해경청 관계자는 “해적신병을 인수 받음과 동시에 신속하고 면밀한 수사로 사건의 실체적 진실을 낱낱이 규명해 나갈 것이다.”고 자신감을 내 보였다.