자율권수호대책본부는 성명서를 통해 지난 총추위의 결정에 대해 "교과부 영향력 아래 만들어 낸 반민주적 회의진행 방식의 결과"라고 강력히 성토하고 나섰다.

자율권수호대책본부는 성명서에서 "지난 7월 28일, 제주대학교 총장임용추천위원회는 ‘교육과학기술부 총장임용후보자 재추천 반려 거부’를 철회하고, ‘제8대 총장임용후보자 재선거 실시 여부’를 전체 교직원의 총의에 붙이기로 결의하였다. 그런데 총추위의 회의 결과는 지난 7월 23일의 결의와는 전혀 상반되는 결과를 보였다. 어떻게 직전회의에서 결의한 내용을 바로 뒤집는 회의 결과를 낼 수 있는지 우리는 상식적으로 이해할 수가 없다.“라고 총추위에 대하여 강력하게 규탄하면서 "이는 총추위의 회의를 파행적으로 이끌어간 음모자들이 있었던 것으로 볼 수밖에 없다"고 지적하였다.

또한, 자율권수호대책본부는 "총추위원장은 독단적으로 '재추천 반려 거부 결정의 위법성'과 '관선총장 임용절차'라는 두 가지 안건으로 총추위의 회의를 소집했는데 도대체 총추위원장의 주재하에 '재추천 반려 거부'로 결정한 사안에 대해 안건으로 상정하는 것이 상식과 논리적으로 타당한 일인가"라며 총추위원장의 독닥적인 진행방식을 질타하였다.

그러면서 “특히, 우리는 총추위원장의 입장과 행태야 말로 대학구성원들의 총의에 따르기보다 교과부의 심부름꾼 노릇을 자처한 처사로 규정한다.”라며 총추의위 이번 결정이 교과부의 압력과 회유에 따라 나타낸 결과라고 지적하였다.

그러나 성명서 말미에서 자율권수호대책본부는 “관선총장이라는 카드를 결코 수용할 수 없는 입장이기 때문에 대학정상화를 위해 차선책인 재선거를 고려할 수밖에 없는 상황이 온다면 우리도 이에 협조할 것이다"라면서 "현재에도 우리가 견지하는 최선의 입장은 1순위 후보자가 적법한 절차에 따라 임용되는 것임을 분명히 밝힌다”라고 주장하였다.

자율권수호대책본부도 “제주대학교에 관선총장은 절대적으로 불가하다”라는 입장은 공통된 의견이지만 총추위의 갑작스런 결과 번복과 교과부 행정담당관의 회의에 참여하여 발언한 내역 등 진행방식에 따른 절차적인 시스템의 문제에 이의를 제기하면서, 강지용 교수의 행정소송 결과여부에 따른 후속진행방식이 올바른 진행절차라는 주장이다.

총추위와 교수회가 학내 재선거 방침에 수용, 진행해 나가려는 순간에 자율권수호대책본부의 강력한 반발로 다시 논란에 불을 당기게 되어 향후 제주대학교의 행보에 귀추가 주목되고 있다.