제주특별자치도는 특별자치도 출범 3년차를 맞아 성과평가의 내실을 강화하기 위해 제도개선에 따른 가시적인 성과창출과 제주특별법의 취지에 부합하도록 국무총리실과 협의하여 관련 성과지표의 개편을 추진하고 있다.<특별자치도에 대한 성과평가는 제주특별법(제5조)에 근거, 국무총리와 도지사 간의「성과목표 및 평가에 관한 협약」(2006.8)에 따라 매년 실시.>

이번에 개편을 검토하고 있는 2009년도 성과목표 및 지표는 제도개선사항과 직접적으로 상관관계가 적은 성과지표를 삭제하는 대신 이양 받은 권한 및 특례를 포함한 성과지표를 신설하고, 성격이 유사하거나 중복되는 성과지표를 통합하는 등 확대된 자율성에 상응하는 책임성을 강화하여 제도개선에 따른 성과를 높이는데 주안점을 두었다.

주요 성과지표 개편 검토사항을 살펴보면 공공의료기관 이용 증가율 등 제도개선사항과 상관이 적은 지표 삭제와 교육자치 및 재정특례 활용 실적, 이관된 특행기관 운영실적 등 각종 특례활용 및 제도개선 실적 지표 신설, 그리고 2단계 제도개선 등 여건 변화 등에 따른 지표 보완 및 기타 지나치게 포괄적이거나 경미한 지표 수정․보완 등이다.

또한 이번 검토를 통하여 마련된 성과지표 개편안은 관계부처와의 협의를 거쳐 제주특별자치도 지원위원회에 보고하여 확정할 계획이다.

한편, ´08년도 성과평가는 오는 3~4월중에 제주특별자치도가 국무총리와 맺은 성과협약(MOU)에 따라 특별자치도 비전구현을 위해 선정된 3개분야(종합분야, 자치분권분야, 국제자유도시 분야) 52개 성과지표에 대한 목표달성도 및 이행과정의 적정성 여부를 국무총리가 구성하는 외부 민간 평가단에 의해 평가를 받게 될 예정이다.