그러나 이번 선임건에 대하여 4․3단체와 제주지역 시민단체들의 이의를 제기하면서 다시금 사태가 논쟁에 휘말리고 있는 실정이다.

이에 김태환 제주특별자치도지사는 4·3평화재단이 '관 주도'로 가고 있다는 지적에 대해 결코 동의할 수 없다며 "재단은 4·3단체의 전유물이 아니고 온 도민의 관심사로, (이사장 선출문제로 4·3사업 집행이 늦어지는 것에 대해) 4·3 유족 등이 땅을 치고 통곡할 일"이라고 말했다.

김 지사는 24일 오전 도청기자실에서 기자간담회를 갖고 "4·3재단 이사장을 행정에서 맡고 싶어서 맡은 게 아니다. 오죽했으면 그랬겠느냐"고 반문한 뒤, "이사장 선출이 늦어지면 이미 편성된 국비를 집행할 수도 없고, 4·3관련 사업이 늦춰질 수밖에 없는 상황이었다"고 설명했다.

4·3평화재단 초대 이사장으로 선출된 이상복 행정부지사도 이날 오전 기자브리핑에서 "이사장 한 사람이 4·3재단의 전체 의사를 결정할 수 없기 때문에 '관주도'라는 표현은 적절치 않다"고 밝혔다.

이 부지사는 “관이 모든 권한을 가지고 재단의 의사를 결정하고 집행하면 관 주도라고 할 수 있지만, 행정에서 재단에 참여하는 사람은 부지사 한 명밖에 없다”면서 “따라서 이사회 의견을 수렴하지 않고 이사장 혼자서 결정할 일은 없다"고 강조했다.

또 그는 “4·3재단이 이사 개인이나 특정 단체의 소유물은 아니며, 법률로 근거를 둔 기구이기 때문에 전 국민과 도민들이 관심을 보이고 있다”면서 “행정에서는 가급적 의견을 제시하기보다는 수렴 쪽에 무게를 두고, 이사장은 재단과 도정 간 가교 역할로서 의견을 전달하는 정도에 머물 것”이라고 말했다.

4·3재단 이사회 구성과 관련해 이 부지사는 “정관에 규정된 15명의 이사 가운데 우선 7명의 이사를 중심으로 재단을 발족하고 나머지는 당분간 공석으로 남겨둘 계획”이라며 “빠른 시일 내에 이사회가 정상적으로 구성됐으면 한다”고 피력했다.

그러면서 이 부지사는 “재단이 빨리 출범해야 금년도에 반영된 예산을 받을 수 있다”면서 “내년초 쯤이면 4·3단체 등에서도 이사회에 참여할 것으로 본다”고 밝혔다.