7월 19일 시민단체인 자유대한호국단은김소연 변호사를 고발대리인으로 하여 서울중앙지검에 문재인 전 대통령과 이철희 전 국회의원, 현직 경찰서장, 기자 등을 직권남용과 업무상 기밀누설, 증거인멸 및 공용서류손상죄 등의 혐의로 고발했다. 

자유대한호국단은 문 전 대통령이 지난 2018년 6월 지방선거를 앞두고 조현오 전 경찰청장 등에 대해 ‘경찰청 정부정책지지 댓글 게재 지시’ 사건을 조사하고 보도하게 하는 등 지위를 남용해 의무 없는 일을 하게 했으며, 이철희 전 국회의원은 경찰 총경 A씨에게 지시해 언론사 기자 등에게 공무상 기밀을 누설하거나 허위사실을 유포하는 방법으로 언론에 보도되게 했다고 의혹을 제기했다. 

경찰 총경 A씨는 2018년 2월에 공무상 기밀에 해당하는 경찰청 내부 조사 자료를 이철희 전 의원에게 제공하는 한편, 진상조사 팀원들과 상의 없이 전 보안사이버수사대장이 부인했던 내용을 같은 해 3월 12일자 보고서에 허위로 기재해 수사건의를 했다. 또한 공식 브리핑으로 허위공문서 작성과 행사를, 진상조사 공식브리핑이 있기 직전에 모 언론사에 불상의 방법으로 브리핑 내용을 사전에 유출해 공무상 기밀을 누설한 의혹이 있다. A씨가 조사팀 상관 B씨가 결재거부한 문서를 3월 15일자 조사결과보고서로 완성했고, B씨가 결재한 제2의 ‘진상조사 결과보고서’는 수사단에 인계하지 않았다.

A씨는 자신이 가지고 있던 서류 일부만을 특수수사단으로 인계하고 팀원들이 가지고 있던 모든 서류를 파기하라고 지시했으며, 팀이 사용하던 컴퓨터를 디가우징(degaussing, 강한 자기장으로 하드디스크를 지워 복구가 안되도록 하는 방법)해 증거인멸과 공용서류를 없앤 혐의가 있다.

단지 지방선거를 이겨보겠다는 얄팍한 정치적 계산과 술수로 국민들의 안전과 치안을 책임지는 13만 경찰 조직 전체를 뒤흔들어 놓고 경찰에 대한 신뢰를 무너뜨리게 한 경찰 댓글 사건의 전말은 ‘허상’이라 판단이 되며 더 늦기 전에 수사해 엄중히 처벌하는 것이 억울한 피해자들에게 조금이라도 보상하는 길이라고 말했다. 

이 사건과 관련해 지난 2006년 2월 9일 노무현 정부(당시 민정수석 문재인)에서 공직자들이 업무와 관련해 잘못된 기사에 대해 댓글 등으로 바로잡을 것을 각 부처에 요구한 내용의 ‘국정브리핑 국내언론보도종합 부처의견 관련 협조요청’공문과 총리실 주관으로 ‘정부 업무 성과평가’반영한다는 내용 등을 증거로 제출했다. 

아울러 자유대한호국단은 행안부 경찰국 신설에 반발해 조계사 삼보일배 등 집단 행동한 경찰직장협의회 관계자들에 대해 국가공무원법 위반으로 2차 고발했다.