간접경비 비율은 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」(대통령령)에 따라 실소요 비용을 산출하여 과학기술부 장관이 매년 고시하고 있으며, 대학의 경우 2006년도까지는 15% 범위 내에서 적용하도록 고시하여 왔다.

그러나 대학의 연구현장에서는 연구에 지원되는 간접경비가 실질적으로 더 많이 소요되고 있어 연구과제를 많이 수행할수록 학교 재정에 어려움을 초래하고 있으므로 이에 대한 개선을 요구하여 왔으나 정확한 실태파악이 되지 않아 반영하지 못해왔다.

과학기술혁신본부는 대학의 애로사항을 해결하기 위해 정확한 실태 파악을 바탕으로 합리적 대안을 마련키로 하고,

그 동안 교육부에 의뢰하여 대학별 간접경비 비율을 실사토록 하였으며, 회계전문가단에 의한 심의를 거쳐, “간접경비산출위원회(위원장 : 과학기술부 연구개발조정관)”에서 2007년도 대학 간접경비 비율을 20%까지 확대하기로 의결하였으며, 구체적인 내용은,

① 간접경비 비율 20% 적용 대학 : 실사에 의한 간접경비 비율 산출대학 47개교

- 부산대(실사비율 48.3%), 세종대(〃 20.0%), 서울대(〃 34.2%), 연세대(〃 29.1%), 고려대(〃 23.4%), 포항공대(〃 36.7%) 등

② 〃 15% 적용 대학 : 교육부 연구비 중앙관리 심사 A등급 대학 43개교

- 가톨릭대, 강릉대, 경남대 등

③ 〃 10% 적용 대학 : 〃심사 B등급 대학 109개교

- 군산대, 상주대, 숭실대 등

④ 〃 5% 적용 대학 : 〃심사 C등급 대학 14개교

- 덕성여대, 고신대, 공주교육대 등

⑤ 〃 3% 적용 대학 : 위 213개교 이외의 심사를 받지 않은 대학

교육부는 2002년도부터 연구비 중앙관리 심사등급에 따라 3%～15%이내에서 간접경비를 차등 지원해왔다.

대학에 지원하는 연구비의 간접경비 비율이 확대됨으로써 제한된 연구비 내에서 연구수행자들이 사용할 수 있는 부분이 다소 적어지는 상황이 발생할 수 있으나, 연구비 사용의 합리성을 확보하고 대학의 연구환경을 선진화함으로써 연구의 효율성이 향상될 것으로 기대된다.

한편, 간접경비의 확대지원과 더불어 간접경비를 직원성과급이나 국가연구사업 수주에 따른 대응자금으로 사용하는 사례가 적발될 경우 다음년도 간접경비 비율 산정에서 불이익을 주는 등 간접경비 관리를 철저히 해 나갈 계획이다.