인수공통전염병대책위원회는 '04. 4월부터 보건복지부 질병관리본부와 농림부 국립수의과학검역원이 공동으로 구성,운영하여 왔으나 그 동안 근거 규정이 마련되어 있지 않았었다. 양 기관에서는 공조 체계를 공식화하기 위해『인수공통전염병 대책위원회 운영예규』를 제정하고 '06. 1월부터 시행한다.

또한, 위원장을 종전 양 기관의 부장(센터장) 급이 담당하던 것에서 기관장(질병관리본부장, 국립수의과학검역원장)으로 격상시켰으며, 위원회 인적 구성도 관련 의과대학 및 수의과대학 교수들을 보강하여 새로 구성하였다.

한편, 양 기관은 조류인플루엔자(AI) 및 광우병 등 신종 인수공통전염병에서 국민의 건강을 보호하기 위해 더욱 협력해 나아갈 계획이다.