그후 지방 소재 국립대들이 한의학과를 설치에 적극나서고 있다. 심지어 일부 사립대까지 "정부가 국립대에만 한의학과 설치를 검토하는 것은 경쟁을 통한 대학발전이라는 정책 방향에 어긋난다"며 한의학과 추진 대열에 가세하고 있다.

각 대학들이 교육부에 제출한 '2004학년도 학생 정원조정 계획안' 에 따르면 한의학과 설치를 요구한 국립대는 충북대, 공주대, 경북대, 부경대, 목포대, 춘천대, 삼척대 등 7개 대학과 사립대는 청주대 등이다. 대학 관계자들은 교육부가 내년에는 정원을 동결시킨다고 밝혔지만 우리의 의지를 보여주기 위해 교육부의 방침과 관계없이 한의학과 추진계획을 밝힌 것이라 설명했다.

하지만 일부 국립대들은 한의학과 유치에 열을 올리는데 대해 우려를 표시하고 있고, 생명과학의 중요성이 강조되는 미래사회에 대한 대비나 장기적인 안목차원이 아니라 단지 지원자들이 대거 모이는 인기학과를 유치하려는 근시안적인 시각이 아니냐는 것이다.

이 문제를 제기했던 복지부가 공식*비공식 라인을 통해 서울대의 한의학과 유치를 우선 추진중인것으로 알려져 학벌조장이라는 비판론도 나오고 있다. 이에 서울대측은 복지부로부터 아무런 얘기도 듣지 못했고 이 문제는 복지부와 교육부가 서로 논의해서 결정할 문제라고 말했다.