새로 신설되는 가축방역위생 연구소는 소장밑에 지도관리과(관리.방역지도),가축방역과(방역.병성검정.검역),축산물위생과(축산물분석.도축검사) 등 3과 7개을 두고 정원은 27명으로 운영된다.

연구소는 △가축전염병 청정화 △악성가축전염병 방역 및 유입방지 대책 강구 △공항,항만 등 전염병 검역 △가축질병연구 및 농가지도 △도축위생검사, 수출축산물 잔류물질 검사 등의 주요 기능을 담당하게 된다.

제주지역에 가축방역위생연구소를 신설되면 국제자유도시특별법 제40조의 근거, 국제검역의 수준의 방역체계 구축 등으로 전염병 발생요인을 사전에 제거하는 것을 비롯 국제수역사무국(OIE)에서 승인한 구제역과 돼지콜레라와 오제스키병 등 가축전염병 발생이 없는 청정 축산물 안정적인 공급체계를 확보하게 된다.

지난1993년 12월에 도 가축위생시험소와 도 축산개발사업소를 통합, 제주도축산진흥원으로 확대 개편한 후 청정종돈 생산공급,한우개량 기반조성,제주재래가축 보존활용,가축전염병 청정화를 위한 검진 방역활동, 양축농가 기술지도 및 실증시험연구사업,수출 축산물 안전 검사 등 다양한 업무를 수행해 오고 있다.