그러나 노 대통령은 "중등교육에 대해서는 국가가 가치관을 교육할 권리가 있다"며 "전교조가 국가를 대신해서 그것을 지시해서는 안될 것"이라고 말해, 전교조의 반미교육 논란에는 불편한 입장을 내비쳤다.

또한 노 대통령은 "국가 사이의 평화 우호 동맹도 소중한 가치이므로 이것을 일방적으로 훼손하려하거나 집단적으로 획일화해서도 안 된다"고 말해, 전교조에 대한 우려가 여전함을 드러냈다.

송경희 청와대 대변인은 "이날 국무회의에서는 교육부의 보고를 둘러싸고 국무위원들 사이에 활발한 토론이 진행됐고, 일부 국무위원들은 교육부의 대응방식에 대해서 비판적인 의견을 내기도 했다"고 전했다.