대한의사협회 의료정책연구소에 따르면 수진자 조회는 국민건강보험법 제13조?제83조?제84조?제85조?제50조 등을 근거로 시행되고 있으나, 보건복지부의 구체적 위임근거 없이 이루어지고 있어 위법한 행위로 볼 수밖에 없다.

그 중 근거가 될 수 있는 규정은 국민건강보험법 제84조 제3항으로 ‘보건복지부장관은 보험급여를 받은 자에게 당해 보험급여의 내용에 관하여 보고하게 하거나 소속공무원으로 하여금 질문하게 할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 법 제13조 제1항 제12호에서는 공단이 관장하는 업무로 ‘기타 건강보험과 관련하여 보건복지부장관이 필요하다고 인정한 업무’를 규정하고 있다.

이때 국민건강보험법 제13조 제12호의 경우 해석상 업무의 범위가 모호해질 수 있어 문제가 될 수 있다. 또한 동 조항에서 보건복지부장관이 건강보험과 관련해 필요하다고 인정한 업무를 공단의 업무로 보고 있어 복지부에서 공단에 대해 수진자 조회와 관련한 일정한 업무지침 등을 마련해 이를 준수하도록 하여야 시행에 필요한 법적근거가 될 수 있으나 이러한 절차 없이 시행되고 있어 사실상 위법행위가 될 수 있다.

현재 공단에서 시행하는 수진자 조회는 그 외에도 조사대상 선정의 불합리성, 사생활의 비밀과 자유 침해, 확인 문항의 미비 등의 문제점을 가지고 있어 개선이 시급한 실정이다.

수진자 조회는 의료인과 환자의 기본권을 해할 우려가 있어 명백한 허위청구가 의심되는 최소한의 범위에서 실시되어야 함에도 그 기준이 광범위하고, 진료내역통보 및 수진자 조회에 소요되는 행정적인 비용 및 효과성을 고려하여 보았을 때 조사대상 범위를 최소화할 필요성이 있다.

수진자 조회는 의사와 환자간 신뢰관계를 훼손하는 것은 물론이고, 의사의 진료권 및 인격권을 침해할 우려가 있으며, 헌법 제17조상 사생활의 비밀을 침해할 가능성이 농후하다.

특히 정신과 내지 부인과 환자에 대한 수진자 조회는 환자의 수치심, 불안감으로 인한 민원 발생으로 이어질 개연성이 높아 제한적으로 이루어질 필요성이 있다.

공단은 수진자 개개인의 사생활 보호를 위해 모두 3천79개 질병을 특수상병으로 분류한 바 있는데, 특수상병에는 정신질환, 성병 등 비뇨기과질환, 뇌성마비 등 신경계질환, 선천성 기형, 임신, 출산 관련 질병 등이 포함되어 있다.

서울중앙지법은 2007. 1. 15. 건강보험공단 서울지역본부가 피부과 포함 180군데 의료기관에서 진단 받은 모든 남자 어린이를 대상으로 한 수진자 조회와 관련하여 공단이 원고의 보험청구내역 등을 충분히 확인하지 않고 의료기관의 명예에 대한 충분한 배려 없이 수진자들에게 수진자 조회를 실시했으므로, 수진자 조회가 해당 병원에 문제가 있어 발송한 것은 아니며, 실제 조사 결과 해당 병원은 아무 문제가 없으므로 가입자가 오해하지 말 것을 당부하는 안내문을 보내라고 결정한 바 있다.

한편, 가입자의 개인정보 유출 억제를 위해 가입자로 하여금 정보조회에 대한 기록을 요구하고 열람할 수 있도록 근거규정을 두도록 한 건강보험법 개정안(엄호성 의원 대표발의, 2005. 5)도 발의된 바 있었다.

그 밖에도 공단의 ‘수진자 조회 전화 확인 기본서식’(국민건강보험공단, 급여조사기본과정, 2005)에 따르면 수진자에 대한 질문(확인) 문항이 정해져 있지 않아, 조사에 필요한 범위를 벗어난 질문에 따른 확인이 이루어질 우려가 있다. 수진자조회의 경우 포괄적인 확인업무는 금지되어야 하며, 조회에 필요한 최소한의 사항만 포함되어야 할 것이다. 따라서 수진자조회 관련 절차, 수진자조회 내용의 제한, 조사대상범위의 제한, 중복조사금지, 개인정보보호 등이 명시된 세부지침이 조속히 마련되어야 한다고 연구소는 밝혔다.