조정되는 통행요금은 대형 차량이 현행 900원에서 100원이 인상된 1000원이며, 소형과 감면차량은 700원과 300원으로 변동이 없다.

문학산터널 통행료 인상은 매년 터널 운영자(문학개발주식회사)가 전년도 소비자물가 변동율을 고려해 신고하도록 협약이 체결되어 있어 이에 따라 통계청에서 발표하는 물가상승분(2003년 12월중 전년동월 대비 3.5%)과 그간 100원 단위로 통행료를 결정함에 따른 미 계산된 36원을 반영해 대형 차량에 한하여 100원의 인상요인이 발생하게 됐다.

시는 터널 통행료의 인상은 사회기반시설을 확충하기 위해 부족한 재원을 민간의 자본으로 조달하고 매년 소비자 물가 인상분만큼 인상된 통행료 수납으로 투자비 및 운영비를 회수하는 민자유치사업의 특성과 시 재정부담을 고려해 조정된 요금인상의 불가피성을 시민들께서 널리 이해해 주길 바란다고 말했다.

한편 통행료 조정과 별도로 2개 노선버스의 터널통행료를 면제토록 했는데 노선버스의 통행료 면제는 버스업체의 경영개선을 통한 이용시민의 서비스 질 향상과 대중교통이용의 활성화을 도모하고자 하는 방안으로서 향후 개통될 철마산과 만월산터널에 대해서도 동일하게 적용될 예정이다.