최근 정부의 잇따른 국립대 총장 임용 거부로 대학의 자율성 훼손에 대한 우려의 목소리가 높아지고 있는 가운데 청와대가 대학 자율협의체인 한국대학교육협의회의의 사무총장 선임까지 관여했다는 의혹이 제기됐다.
 
대교협은 지난 3월에 이원근 전 사무총장을 연임하기로 결정하고 교육부에 승인을 요청했다.

대교협법에 따라 대교협 사무총장은 이사회에서 선출하지만 교육부 장관의 승인이 필요하기 때문이다.

하지만, 교육부는 이 사무총장의 임기 만료일인 지난 4월 28일까지 뚜렷한 사유도 없이 승인도 반려도 하지 않았다가, 결국 이 사무총장이 사의를 표하자 기다렸다는 듯 자진사퇴를 근거로 신속하게 승인 신청을 반려했다.
 
이에 대교협은 협의회의 집행업무를 총괄하는 사무총장 공석이 장기화될 조짐이 보이자 지난 5월 이사회에서 대책을 논의했다.
 
이후 공모 절차와 이사회 의결, 교육부 승인 절차를 거쳐 교육부 관료 출신인 전찬환 사무총장이 7월에 사무총장으로 취임했다.
 
국회 교육문화체육관광위원회 새정치민주연합 안민석 의원(경기 오산)이 1일 대교협에서 제출받은 이사회 회의록에 따르면, 당시 부구욱 회장은 사무총장 연임 승인을 사실상 거부당한 공석사태에 대해 “모든 사항을 보류하고 교육부 및 청와대와 협의를 진행한다”고 말했다.
 
대교협은 대학 운영의 자주성과 공공성을 높이고 대학 간의 협조를 통하여 대학 전반의 제도 및 운영에 대한 정책을 정부에 건의하고 제반 사항을 수립하는 민간기구로 사무총장 인선에 청와대와 별도의 협의를 거칠 이유가 전혀 없다.
 
그동안 교육부의 인사적체 해소를 위한 낙하산 인사는 공공연한 비밀로 사무총장을 선출할 때마다 특정 인사를 밀고 있다는 소문이 끊이지 않았다.
 
이에 대교협측은 “청와대가 관련 사항을 협의해야하는 유관기관인 것으로 착각해서 한 발언이었다”고 해명했지만 상식적으로 납득하기 어렵다. 당시 이사회 회의에는 회장을 비롯해 임원 10명과 관계자들이 참석한 논의 결과를 기록한 회의록이고, 설령 착각한 발언이다 하더라도 청와대와 인사개입은 실체적 진실에 가까울 것이다.
 
안민석 의원은 “대학 협의체인 대교협 사무총장 인사마저 청와대 개입 정황이 명백히 드러났는데 이는 국립대 총장 공석 사태와도 무관하지 않다”며 “이는 대학의 생명인 자율성을 명백히 침해하는 것으로 청와대는 부당한 인사 개입을 중단해야 한다”고 강조했다.