남과 북은 2013년 9월 10일부터 11일까지 개성공단에서 '개성공단 남북공동위원회 제2차 회의'를 개최하였다. 전체회의 2회, 공동위원장 접촉 5회, 출입.체류 분과위원장 접촉 3회를 개최하여 협의를 진행하였다.

1차 공동위원회(9.2)에서는 서해 군통신을 재개하고 분과위원회 일정을 확정하는데 주력하였으며 금번 2차 공동위원회에서는 분과위원회(9.4~5) 논의결과를 토대로 심도있는 협의를 통해 합의를 도출하였다.

합의내용은 공동발표문 형식으로 채택하였으며 주요내용은 '개성공단 남북공동위원회 사무처 구성 및 운영에 관한 합의서'를 채택 남북공동위원회 사무처를 9월중에 가동하기로 하였다. 개성공단에서의 "남북상사중재위원회 구성·운영에 관한 합의서" 이행을 위한 부속합의서'를 채택하였다.

통행.통신.통관 분과위에서는 금년안에 전자출입체계(RFID)를 도입하여 일일단위 상시통행을 실시하며 인터넷과 이동전화 통신 제공을 위한 실무적 문제를 계속 협의해 나가기로 하였다. 전자출입체계(RFID) 도입 이전에라도 당일 출입계획자의 당일 통행 보장 문제는 해당 분과위원회에서 계속 협의해나가기로 하였다.

국제경쟁력 분과위에서는 외국기업 유치를 위하여 우선 남측지역의 외국 기업과 외국 상공인을 대상으로 하는 투자설명회를 10월중 개성공단에서 개최하기로 하였다.

출입.체류 분과위에서는 '개성공단에서의 "개성공업지구와 금강산관광지구 출입 및 체류에 관한 합의서"의 이행과 준수를 위한 부속합의서'안을 교환 앞으로 협의.해결해 나가기로 하였다.

정부는 기업들의 피해보상을 위하여 개성공단에서 납부하는 2013년 세금을 면제하고 올해 4월부터 발생한 북측 근로자들의 임금에 대해서는 중앙특구개발지도총국과 개성공업지구관리위원회가 협의하여 처리하기로 하였다고 했다. 이와 함께 2012년도 귀속분 세금은 금년 말까지 납부를 유예한다고 밝혔다.

개성공단은 9월 16일부터 기업들이 시운전을 거쳐 재가동에 들어가기로 하였으며 이와 함께 분과위원회들을 9월 13일에 남북공동위원회 제3차 회의는 9월 16일에 개최하기로 하였다.

금번에 합의를 하지 못한 출입.체류 분야에 대해서도 상당부분 의견이 접근되었으며 이견이 있는 일부 사안에 대해서는 13일에 개최되는 해당 분과위원회를 통해 마무리될 것으로 기대한다고 밝혔다.

통일부는 금번 2차 공동위원회를 통해 개성공단이 국제적 경쟁력이 있는 공단으로 안정적으로 발전하기 위한 제도적 장치 마련이 실제적으로 이루어졌으며 이를 토대로 개성공단의 재가동 일정이 확정됨으로써 개성공단의 발전적 정상화가 본궤도에 오르는 계기가 된 것으로 평가한다며 더 나아가 남북간에 신뢰가 축적되고 지속가능한 남북관계 발전에도 기여할 것이라고 밝혔다.