따라서 청와대는 청와대 대외전략기획관실과 외교통상부 공동 책임이라는 결론을 내리고, 국무회의에 협정을 ‘즉석안건’으로 상정하여 ‘비공개 처리 절차’를 진행한데 이어 처리 결과도 공개하지 않은 점, 그리고 사전에 국민의 이해를 충분하게 구하지 않은 점을 잘못으로 지적했다.

박정하 청와대 대변인은 이날 브리핑에서 ‘민정수석실은 지난 2~5일 실시한 진상조사를 통해서 이 같은 결론을 내리고, 하금열 대통령 실장에게 보고했다’고 밝혔다. 이에 따라 이명박 대통령이 책임이 가장 큰 김태효 청와대 대외전략기획관의 사표를 수리했다.

박 대변인은 이어 “청와대 대외전략기획관실과 외교부가 6월 중에 서명 처리하고, 그 사실을 한일 양국 내에서의 절차가 끝나는 시점까지 비공개로 하자는 양국 실무합의에 따라 국무회의에 ‘즉석안건’으로 상정하고 결과를 비공개로 하는 등의 정차상의 문제점이 있었던 것으로 확인됐다”면서 “한일간의 특수 관계를 고려해 절차상 투명성을 확보하고, 국민의 이해를 구하며 국회를 설득하는 과정을 충분하게 거치지 않는 등 ‘정무적 판단’도 부족했던 것으로 판단했다”고 덧붙였다.

이어 상관에게 보고를 하지 않고, 국무총리실에 사전 설명조차도 하지 않은 것으로 확인된 조세영 외교부 동북아 국장과 일부 관련자들에 대해서는 소속 부처에서 ‘징계조치’를 취하도록 한 것으로 알려졌다.

박 대변인은 "종합적으로 일본의 문안 검토, 법제처의 심의가 늦어져 차관회의 상정이 불가능했다면 급박하게 상정할게 아니라 일본과 설득하고 협의해서 다음 차관회의에 상정하는 게 바람직했다"고 지적하고 “외교 관례를 들어 일본의 국내 절차 완료까지 비공개할 게 아니라 국민의 이해를 구하는 노력이 선행돼야 했다"고 말했다.