그러나 혁명군이 서울에 진주하여 중앙 방송국을 통하여 발표한 첫 성명서는 육군참모총장 장도영 중장의 이름으로 국민에게 전파되어 국민들은 군 전체의 혁명으로 생각하고 있었다.
그후 박정희 소장 및 혁명 주체세력과의 협상에서 혁명에 적극 동조할 것을 약속함으로써 표면상 국가 재건 최고 회의 의장직과 내각의 수반직에 추대되어 혁명 초기의 과업은 그의 명의에 의하여 진행되었다.

그러나 혁명 2개월이 안된 7월 2일 당국에 의하여 그의 최고회의 의장 및 내각수반직의 사임에 대한 발표에 이어 다음날인 7월 3일 그와 그의 일파 44명이 반혁명음모로 체포되었음이 발표되어 영문을 모르는 세인들을 깜짝 놀라게 하였고 이들 44명은 혁재에 구속 회부되었으며 장도영 중장만은 불구속 기소 중 법정구속을 당하였다.

장도영 전 최고회의 의장 겸 내각수반은 5.16혁명 당시 육군 참모총장으로서 혁명계획의 사전탐지로 혁명군의 출동을 저지하기 위하여 출동 부대 지휘관들에게 부대 장악과 출동저지를 엄명하여 혁명군의 저지에 큰 차질과 혼란을 야기 시키고 한강교 상에서의 최후 저지명령으로 혁명군과 저지 헌병간에 총격전까지 전개되게 하였고 최고회의 의장 겸 혁명 내각의 수반에 추대되었음에도 자신의 권한 축소와 불원간 제거 당할지도 모른다는 우려에서 군사혁명의 과업 수행에 방해 내지 좌절을 시도하였다는 것이다.

반혁명 모의

1961년 5월 하순경 최고회의에서 헌법을 대행할 국가재건 비상 조치 법을 심의함에 있어서 장도영 의장을 비롯한 그의 일파는 혁명 초기에 무엇보다도 군의 인사권을 장악할 수 있는 참모총장직을 겸임하여야만 확고 부동한 세력 기반을 구축할 수 있다는 판단 아래 겸임 해제의 조항을 삭제하고자 최고위원들의 포섭을 획책하였으나 그 뜻을 이루지 못해 실망하고 있던 중,

장도영과 동향인이며 장 정권하에서 참모 총장의 조직 운동에 결정적인 역할을 하였던 그의 심복 김일환 대령 등 수명의 반혁명 행위로 중앙 정보부에 피검될 뿐 아니라, 6월 6일 비상 조치법의 공포로 장도영은 국방부장관 및 참모총장직에서 해직되는 한편 김종오 장군이 참모총장에 취임하면서부터 과거 비행이 많았던 장교들의 예편 및 보직 변경이 단행되자 그의 측근세력의 제거를 확인하게 된 장도영은 세력만회와 그 대비책으로 최고회의와 정부 요직에 그의세력을 부식 확보하고자 하였다.

장도영의 비서실장이였던 이회영 대령은 평소 육사 제5기 동기생으로 친교가 두터운 감찰위원장 최재명 대령과 구 황실 재산관리국 총 국장 노창점 대령 등을 포섭하는 한편 장도영과 학병 동기인 최고위원 송찬호 준장과, 보직관계로 평소에 장도영으로부터 혜택을 받아온 최고위원 박치옥 대력 등을 포섭하기에 성공하였다.

이들은 마침내 박정희 소장 및 그 측근자를 제거하고 장도영 세력을 확장하여 정권을 독점할 것을 기도하면서 이를 위하여 비상조치법 및 최고회의법에 의거하여 설치된 혁명 정부의 중추적 역할을 하고 있는 중앙 정보부법을 폐지하거나 그 기능을 마비시키는 것이 가장 신속하고 정확한 길이며, 그 결과 현 혁명 정부는 자연적으로 도괴되고 말 것으로 단정하고 이를 추진하기로 하였다.

한편 최고위원 문재준 대령(헌병감)은 15범죄 수사대장 방자명 중령과 3범죄 수사대장 김영우 중령으로부터 중앙 정보부의 권한 확대로 인하여 한병감인 문대령의 권한이 축소되었다는 충동과 문대령이 직접 예편 상신하여 제거했던 권영야가 복직되어 활보하고 있음을 전해 듣고 불만을 품고 최고회의의 인사조치와 예산 문제에 의견의 대립을 노출시키면서 중앙 정보부의 권한 제한 내지 폐지를 생각하던 끝에 이회영 대령등과 접축하게 되면서부터는 적극적으로 최고회의와 혁명 정부의 주동 세력의 제거를 획책하기 시작했다.

전기 장도영과 그의 지지자로 포섭된 장교들은 내각 수반실 및 구 황실 재산관리국 총국장실에서 수차의 회합을 갖고 중앙 정보부의 폐쇄 내지 권한 축소를 강행하고 장도영 일파의 집권을 기도하기로 합의하였으며, 6월 28일 문재준 대령과 박치욱 대령은 7월 3일 오전 2시를 기하여 중앙 정보부를 급습 점령하고 간부급을 체포하여 김포 공수단 본부로 납치하기 위하여 헌병 50명을 확보했다.

한편 이를 지원하기 위하여 공수단 병력 1개 중대의 동원을 합의하고 이를 김제민 중령에게 지시하고 문재준 대령은 제3범죄 수사대장 김영우에게 병력 30명을 확보하여 언제든지 출동할 수 있도록 비상 대기할 것을 지시하는 동시에 제 15범죄 수사대장 방자명 중령에게는 부산에 출장중인 15범죄 수사대 범죄과장 오기수 대위가 인솔한 병력까지 귀대시켜 병력을 확보 대기할 것을 지시하였다.

이상과 같이 거사 준비를 진행시켜 오던 이들은 하영조 대위 및 장인항 준위에게 박정희 소장의 비행을 조사하게 하는 하년 7월 1일 오후 이회영 대령은 박치옥 대령에게 액면 5백만원의 수표를 전달 거사자금으로 활용하게 하였으며, 다음 날로 임박한 거사준비로써 7월 2일 오후 6시 40분경 공수단 본부에서 박치옥 대령은 주번총사령 유주형 소령을 시켜 각 대대 초소병들에게 실탄을 지급하고 거사에 대비하게 하였다는 것이다.

이와 같은 장도영일파의 박정희 소장 제거와 혁명정부의 번복 음모는 사전에 발각 실패하고 말았으며 7월 3일 이들 일당은 체포되고 말았다. 그러나 이들의 불복 상소로 다시 개정된 혁재 상소심 제2부 (재판장=육장균 대령)는 62년 3월 10일, 1심에서 사형이 선고된 장도영과 이회영에게 원심을 파기하고 무기징역을 선고 확정시켰으며, 또한 김석률, 이회영, 김영우 등 3명에게도 원심을 파기하고 무죄를 선고하고 나머지 피고인들은 상소를 기각 원심판결을 확정시켰으므로 복영 중 62년 5월 2일 최고회의 박의장은 이들의 형집행을 확인하고 장도영 등 5명의 전 최고위원들의 형을 면제하였다.