이명박 대통령은 김태효 기획관의 사표를 조만간 수리할 것으로 알려졌다. 그러나 이해찬 민주통합당 대표가 요구하고 있는 김황식 국무총리와 김성환 외교통상부 장관에 대해서는 별도의 책임을 묻지 않을 것으로 전해졌다.

박정하 청와대 대변인은 브리핑에서 "김태효 기획관이 5일 오전 한일협정 논란과 관련해 스스로 책임지기 위해 사의를 표했다. 스스로 결단한 것으로 알고 있다"면서 “절차상 문제가 있었지만 총리도 사과를 했고, 총리나 장관까지 책임질 일은 아니다. 스스로 인정하고 감수하겠다는 뜻으로 이해된다"고 설명했다.

한편, 청와대와 정부는 김태효 기획관의 사퇴 문제와는 별도로 진상조사를 계속 진행, 문제가 발견된 관련자에 대해서는 엄중히 조치한다는 방침을 확인했다.