2012년 4월 1일부터 시행된 일괄 약가인하 제도로 인해 종근당를 포함한 국내 모든 제약회사들의 매출과 수익성 감소가 현실화되고 있으며, 2014년부터 7월 2일부터 시행된 리베이트 투아웃 제도로 제약영업환경이 큰 변화를 겪고 있다.

종근당은 이러한 상황 속에서도 우수한 위기관리능력을 바탕으로 자율준수프로그램을 채택하는 등 변화한 영업환경에 빠르게 적응해 나가고 있으며, 우수한 인재를 확보 ·육성하여 미래성장을 위한 핵심역량을 강화하고 있다.

또한 정체된 국내시장에서 벗어나 신규 해외시장 발굴에 노력을 기울여 중동과 남미에 면역억제제와 항암제를 공급하는 수출 계약을 맺었으며, 이에 그치지 않고 베트남, 인도네시아 등 주요국가에 거점을 확보하여 전문의약품 및 건강기능식품 등의 수출을 확대해 나가도 있다.

종근당은 연구개발에 역량을 집중해 철저한 시장조사와 정밀한 분석을 바탕으로 First in class 신약 후보물질을 도출하고 개량신약 개발을 확대하여 지속적인 성장동력을 확보하겠으며, 핵심 원천기술 개발 및 기술수출을 통해 지속성장 기반을 구축해 나가려고 한다.

종근당의 매출은 전체의약품 시장의 약 3~4% 내외의 매출실적을 점유하고 있다. 

제약산업은 국민건강과 직결되는 의약품을 취급하는 산업의 특성상 개발, 유통, 판매 등 전과정에서 타사업에 비해 정부의 엄격한 규제를 받고 있다. 약제비 절감을 위하여 정부는 의약품 보험등재제도를 Negative List 시스템에서 Positive List  시스템으로 전환하는 한편, 일괄 약가인하제도, 약가재평가제도, 가격-수량 연동제, 기등재의약품 경제성 평가, 리베이트 투아웃제, 약품비 절감 장려금제 등 다양한 약가 관련 정책들을 시행하고 있다.

종근당은 신약  및 개량신약, 제네릭 의약품에 대한 우수한 개발능력을 보유하고 있으며, 연간 매출액 대비 약 14% 이상의 R&D 투자를 진행하고 있다. 이와 더불어 연구인력 및 R&D 투자비용을 점차 증가시켜 나아갈 예정이다.

신약 개발 성과로는 2004년 국내 신약 제8호 항암제 '캄토벨' 을 출시하였으며, 당뇨병 치료제(듀비에 정)는 2013년 7월 4일 부로 국내 20번째 신약으로 허가 받아 2014년 2월 출시, 연 60억원의 매출성과를 달성했다.

그외 고도비만치료제(CKD-732), 표적항암제(CKD-581, 516) 등 다양한 신약개발 임상을 진행 중에 있으며, 특히 CKD-732가 2014년 9월 희귀질환인 '프래더윌리증후군'으로 美 임상3상에 진입하는 성과를 거뒀다. 또한 '08년도에 출시한 고혈압 치료제 '살로탄', 고지혈증 치료제 '리피로우', '11년도에 출시한 고혈압 치료제 '칸데모어', '13년도에 출시한 텔미트렌, 텔미누보 등이 현재 종근당의 성장에 많은 기여를 하고 있다.