질의서는 윤 후보자 구상하고 있는 감사원 개혁방안에 대한 총론적 질의와 '성과감사' 실현방안과 관련된 2개항, 감사원의 정치적 독립성 확보방안 및 검찰, 군 등 '권력기관' 감사결과에 대한 후보자의 의견을 묻는 3개항, 감사원의 투명성 제고 및 시민참여 방안에 대한 4개항 등 총 11여개의 문항으로 구성되어 있다.

질의서에는 윤 후보자가 평소 감사원 개혁의 좌표로 설정했던 성과감사 실현방안과 관련하여 현재의 감사원을 성과감사 중심으로 개편하였을 경우 기존 직무감찰과 회계감사 권한을 어떻게 재조정할 것인지, 또, 성과감사를 위해 필요한 감사원의 전문성 확보와 관련해서는 검찰,군인 등 '권력기관' 출신인사들이 번갈아가며 감사위원에 임명되던 관행 타파 의사와민간 전문인력 진입을 가로막는 감사원의 폐쇄된 조직 운영에 대한 개선방안이 담겨 있다.

또한, 참여연대는 “감사원의 독립성 확보방안과 권력기관'과 관련된 감사원의 입장에 대한 후보자의 견해”를 물었다. 마지막으로 '감사원의 국회이관 검토'라는 노 대통령의 발언으로 인해 불거진 감사원 회계 감사권의 국회이관 문제에 대한 후보자의 견해를 물었다.

이와 더불어 감사결과 보고서의 전문 공개와 DB화, 감사결과 보고서의 작성방법 개선 감사위원회 회의의 속기,녹취 및 공개, 국민감사청구제도의 개선방안 등에 대한 후보자의 복안을 밝혀줄 것을 요구했다.

참여연대는 "도착된 후보자의 답변은 청문회와 윤 후보자에 대한 인사의견서의 판단자료로 이용할 것"이라고 밝혔다.