서울시는 민선4기 출범에 따른 조직개편과 시정운영 계획수립 업무 등 당면한 업무수행과 국정감사, 감사원 감사, 정부 보안감사, 의회 사무감사 등 내외부 감사수감의 부담과중 등 이유를 들어 9월 중 정부합동감사 수감이 어렵다면서 내년 이후나 금년 11월 이후로 감사일정을 연기해 줄 것을 요청(8.14, 8.28)해 왔다.

행정자치부는 서울시가 제시한 연기요청사유를 깊이 검토한 결과, 이를 수용하기 어렵다는 결론을 내리고 당초 계획대로 감사자료 수집과 본 감사를 실시키로 했다.

먼저 서울시가 제시한 연기요청 사유 중 민선4기 출범에 따른 조직개편과 시정운영 계획수립 업무 등은 대내적 사유로서, 이번 정부합동감사가 1999년 실시이후 7년 만에 재개된다는 점, 정부합동감사가 국가위임사무 및 자치사무 등 집행관련 법령위반사항에 대해 확인·점검하고 시정·개선토록 하는 법적 장치라는 점 등을 감안할 때, 이는 정부합동감사를 연기해야 할 불가피한 사유로 보기는 어렵다고 밝혔다.

감사원 감사와의 중복문제의 경우, 이번 감사자료 수집 기간을 포함한 정부합동감사 기간 중에는 감사원 감사를 실시하지 아니하고, 감사원 감사를 필한 사항은 정부합동감사에서 제외하며, 정부합동감사를 필한 사항은 감사원 감사에서 제외하는 등 중복을 피하기로 감사원과 협의를 마쳤으므로 이 부분에서의 업무부담도 없을 것이라 밝혔다.

정부 보안감사의 경우 정부합동감사 기간과의 중복을 피하기 위해 9월에서 10월로 이미 시기조정을 하였으며(당초 9.18~9.22, 변경 10.9~10.13), 국회의 국정감사 일정도 당초 9월에서 10월로 조정이 되었으므로 당초 계획한 9월 중의 정부합동감사는 시기적으로도 적절하다고 밝혔다.

행정자치부는 금년도 서울시 감사가 감사참여 기관을 5개 부·청(타 시·도는 10~13개 부·청)으로 하고 감사대상 업무도 지방세, 건설·도시계획, 환경, 보건복지, 식품, 재난관리 등 주민생활과 밀접한 분야에 집중하여 수감기관의 부담을 최소화하도록 결정된 것인 만큼 서울시가 감사자료 수집과 본 감사 수감에 적극 협조해 줄 것을 당부했다.

행정자치부는 서울시가 최근 4일째 계속 감사자료 수집 협조를 거부하고 있는 것과 관련, 자료수집 협조 거부가 법령준수 의무와 성실의무 등을 규정한 지방공무원법을 위반하는 것인지와 직무유기 또는 공무집행방해 등 형사법 위반에 해당되는지 등에 대한 법률자문을 의뢰해 놓고 있다고 밝히고, 감사자료 제출요구를 받은 각급 공무원은 여기에 적극 협조하여 불이익을 받는 일이 없도록 해 줄 것을 당부했다.