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이장관은 신동아 2004년 1월호에 ‘나의 삶 나의 아버지’ 라는 에세이를 기고해 ‘아버지의 독립운동과 나의 두꺼비 축구단’ 라는 제목으로 부친에 대해 피력했다.

그는 “ 아버지는 대학 시절 일본인들에 대항하기 위하여 공대의 한국인 학생들을 규합해 공우회(工友會)를 조직한 뒤 회장을 맡으시기도 했다. 1919년 3월 1일에는 33인 대표의 연락을 받아 대학생들을 소집하고 책임자로서 독립 만세 운동에도 적극적으로 참여했다.” 고 하며 "일본의 지배에서 벗어나기 위한 독립운동의 일환으로 고학당 사건이 터지는 바람에 아버지는 체포되고 고학당은 강제 해산 당하는 운명을 맞게 된다.”고 토로했다.

또한 그의 선친에 대해 “ 복역 중에 다시는 독립 운동을 하지 않겠다는 서약을 하고 일직 출감한 사람도 있었다고 하나, 아버지는 의롭지 못하다는 이유로 이조차 거절했다는 말씀을 듣고 우리 주변에서 이의를 다는 사람이 한 사람도 없었다. 아버지는 신의를 존중해고 이러한 일들과 관련해 국가로부터 포상 받는 일조차 ‘당연히 해야 할 일을 했다.’며 극구 사양하셨다.” 며 회고했다.

그러나 일부에서는 이기준 교육부장관의 임명을 놓고 그의 도덕성을 거론하며 부정적인 관점이 제기하고 있다.

CBS 시사 자키 ‘오늘과 내일’에서 한국 교원 단체 총 연합회 한재갑 대변인은 “ 이기준 전 서울대 총장은 오랜 교수 생활을 했고, 교육 개혁 위원회 활동도 했다. 또 대학 교육 협의회 회장을 역임한 바도 있어서 나름대로 교육적 경험은 충분하다. 다만 문제는 총장 재직 시절에 사외이사 겸직 문제, 과도한 판공비 사용 문제, 장남의 병역 기피 의혹 등이 불거졌고, 도덕성과 자질 시비가 끊이질 않았던 것을 감안한다면 적절한 인사로 보기엔 어렵다.”고 말했다.

그리고 전교조 한만중 대변인도 “ 국민들이 요구하는 교육 개혁 과제가 산적해 있고, 그것을 집행해 나갈 책임자에게는 개혁성과 도덕성, 리더쉽 등이 요구된다. 그런 요건에 비춰 봤을 때 우리로서는 납득하기 어려운 인사 조치이고, 참여 정부가 교육 개혁을 할 의지가 있는지에 대한 근본적인 질문을 던지게 된다.” 고 지적했다.

한편 이 장관은 충남 아산에서 태어났고 서울 사대부고와 서울대 화학공학과를 졸업하고 서울대 교수, 공대 학장, 총장을 지냈다. 1996년에는 국민훈장 목련장을 수상했으며 최근 교육부 장관으로 임명됐다.